از ویژگی های اساسی ایده مدیریت یکپارچه منابع آب (IWRM)، شناسایی حوضه آبریز رودخانه به صورت یک واحد مدیریتی است. این امر اجرای IWRM را با یک چالش ویژه روبه¬رو می سازد: نیاز به هماهنگی های همزمان بین واحدهای اداری گوناگون در استان ها، سطوح اداری و غیره مانند سطوح ملی و محلی و مصرف کنندگان آب در سرتاسر حوضه آبریز. سازمان حوضه رودخانه (River Basin Organisation, RBO) مهمترین محل تصمیم گیری در این خصوص می باشد.